Die Todesursache ist nicht geklärt. Genannt werden „hitziges Frieselfieber“ (Diagnose des Totenbeschauers), Rheuma (Rheumatisches Fieber), Syphilis (eventuell mit Quecksilbervergiftung), Trichinen, Purpura Schönlein-Henoch, Nierenversagen, Herzversagen und Aderlass. Möglicherweise ist Mozarts Todesursache bereits in einer Erkrankung während seiner Kindheit zu suchen; die moderne Medizin tendiert dabei zu einer Infektion mit Streptokokken, die unzulänglich behandelt wurde und somit zu Herz- bzw. Organversagen führte.
Er selbst war davon überzeugt, vergiftet worden zu sein, und äußerte sich gegenüber Constanze dazu wenige Wochen vor seinem Tod während eines Besuchs im Prater: „Gewiß, man hat mir Gift gegeben.“ Für einen Giftmord gibt es allerdings keinerlei dokumentierte Anhaltspunkte. Die ersten Legenden zirkulierten schon kurz nach Mozarts Tod. Die wohl berühmteste davon schreibt seinem angeblich missgünstigen Kollegen Antonio Salieri die Täterschaft zu, der sich überdies kurz vor seinem eigenen Tod als Mörder Mozarts bezeichnet haben soll.